אודות המועדון
הקבוצה נוסדה רשמית בשנת 1940 ונרשמה בהתאחדות לכדורגל. ב-1941 הודחה בשלב חצי הגמר של הגביע הארץ-ישראלי, ובשנת 1946 הודחה בגמר מול מכבי תל אביב במפגש כפול כשהפסידה 6:1 בסיכום שני המשחקים. במסגרת מדינת ישראל הקבוצה השתתפה לראשונה בגביע המדינה של עונת 1949/1951.
בליגה הבכירה בישראל השתתפה הקבוצה לראשונה בעונת 1949/1950 עונת הבכורה של ליגת הכדורגל לאחר קום מדינת ישראל. בקבוצה שיחק שוער נבחרת ישראל, יעקב חודורוב, אך בסוף עונת 1951/1952 ירדה, יחד עם יריבתה העירונית, מכבי ראשון לציון, לליגת המשנה. רק לאחר 26 שנים, בתום עונת 1977/1978 בליגה הארצית, שבה הפועל ראשון לציון לליגה הראשונה למרות שסיימה רק במקום הרביעי, בעקבות החלטה על הגדלת הליגה על ידי ההתאחדות. הקבוצה ירדה חזרה לליגת המשנה עונה אחת בלבד לאחר מכן, ושבה בחזרה לליגה הבכירה בעונת 1980/1981 ואף הצליחה לסיים את עונת המשחקים במקום השישי ורשמה את הישג השיא שלה בליגה הבכירה. בעונה זו שיחקו בקבוצה הכוכבים המקומיים אלי מדואל, בן ציון פנקס, אפריים ויימן, גדעון פוקסיניאנו, נחום יעקובי ואיתן שלום הצעיר. אולם שנה מאוחר יותר בעונת 1981/1982 ירדה הקבוצה פעם נוספת לליגה השנייה ומאז תקעה יתד בליגה זו, אך לא הצליחה להעפיל לשוב לליגה הבכירה פעם נוספת.
בסוף עונת 1989/1990 בליגה הארצית, ירדה הקבוצה לליגה השלישית. הדבר עורר זעזוע בקבוצה ואוהדיה ולאחר מכן עלתה הקבוצה מהליגה השלישית לליגה הראשונה תוך שנתיים. גדעון דמתי, אשר שיחק בנבחרת ישראל ושמשון תל אביב, היה מאמן הקבוצה בתקופה זו. ובשער עמד שביט אלימלך לימים שוער הפועל תל אביב ונבחרת ישראל.
בשנת 1992 שונה שמה של הקבוצה להפועל עירוני ראשון לציון, ובמקביל החלה עיריית ראשון לציון לגלות מעורבות רבה יותר בקבוצה. מנגד, קטנה המעורבות הישירה של מרכז הפועל. אחת התוצאות הייתה נטישת "אצטדיון הפחים" הישן ומעבר לאצטדיון חדש ומודרני, אצטדיון "הברפלד", שנמצא במערב עיר. המעבר של הקבוצה למערב העיר סימן את ההתרחקות שלה מן השכונות הממוקמות במרכז העיר ובמזרחה, ובהן שכונות שיכון המזרח ונחלת יהודה .המעבר והזיהוי של הקבוצה עם העירייה ומקורביה הביא לנטישה של אוהדים רבים את הקבוצה.
בסוף עונת 1993/1994 עלתה הקבוצה לליגה הבכירה – הליגה הלאומית, לראשונה לאחר 13 שנים בליגת המשנה – מהמקום הראשון ובהפרש של 9 נקודות. בשנת 1996 העפילה הקבוצה לגמר גביע המדינה, שם הפסידה 4:1 למכבי תל אביב. מכיוון שמכבי תל אביב זכתה גם באליפות, השתתפה עירוני ראשון לציון לראשונה בתולדותיה במסגרת אירופית – גביע אירופה למחזיקות גביע, אך בסיבוב המוקדם הודחה על ידי קונסטרוקטורל קישינב ממולדובה.
באמצע שנות התשעים נודעה הקבוצה כקבוצת מרכז טבלה טיפוסית בליגה הבכירה, ולמעשה היו אלה ימי השיא שלה. שחקניה הבולטים של הקבוצה באותן שנים היו דני אלברט, ניר שיקווה וניסן קפטה.
בעונת 2000/2001 הייתה הקבוצה המועמדת הוודאית לירידה. באותה עונה אף הפסידה הקבוצה בתבוסת השיא שלה בהיסטוריה, 10-1 למכבי תל אביב. אף על פי כן הצליחה הקבוצה לשרוד ולהישאר בליגה, בעיקר הודות ליכולתו של החלוץ הגאורגי קלימנטי ציטאישווילי בשלביה האחרונים של העונה.
בעונת 2001/2002 העמידה הקבוצה סגל שכלל בין היתר את אייל בן עמי מהפועל תל אביב, הקשר הבוסני סיאד חלילוביץ' והחלוץ שי הולצמן. למאמן מונה גיורא שפיגל, אך למרות פתיחת עונה מוצלחת, לא התעלתה הקבוצה מעבר למרכז הטבלה וסיימה במקום התשיעי. הקבוצה המשיכה לשחק בליגה הראשונה עוד עונה תחת הדרכתו של כוכב הקבוצה בעבר, איתן שלום, ובסוף עונת 2002/2003 ירדה הקבוצה חזרה לליגת המשנה, לאחר שסיימה במקום האחרון בליגת העל. שלוש שנים לאחר מכן נשרה לליגה השלישית.
בעונת 2006/2007 חילקה הנהלת הקבוצה מאות מנויים לאוהדי הקבוצה על מנת שיגיעו לתמוך בה בעקבות מאבקיה על העלייה לליגה הלאומית, ואכן, ב-18.05.2007 הבטיחה עירוני ראשון לציון את חזרתה לליגת המשנה, שנה אחת בלבד לאחר הירידה לליגה הארצית, כשבמשחק העלייה הביסה הקבוצה 0-4 את מכבי באר שבע. על מנת לחזור לליגת העל, צירפה הקבוצה שחקנים רבים בקיץ 2007, אך נכנסה לבעיות תקציביות קשות במהלך העונה, ולקראת סיום העונה נאבקה על ההישארות בליגה השנייה. במחזור הסיום אירחה הקבוצה את הפועל בני לוד למשחק בו הייתה חייבת לנצח, אך שער שוויון שספגה הקבוצה שש דקות לסיום המשחק עלה לה בירידה חזרה לליגה הארצית.
ביוני 2008 נרכשו הבעלות וזכויות הניהול של המועדון על ידי אנשי העסקים רביב ספיר ורון חדד. קבוצת הרכישה שילמה מיליון שקלים לעיריית ראשון לציון עבור הרכישה, והעירייה מצידה התחייבה לכסות את כל חובות העבר שעמדו ההערכות על סכום של כ-6 מיליון שקלים וכן לתמוך במחלקת הנוער של המועדון בסכום של כ-800 אלף שקלים בשנה. בעקבות המהלך הקבוצה שינתה את שמה וחזרה לשם המקורי – הפועל ראשון לציון.
בתאריך 07.05.2009 חזרה הקבוצה לליגה הלאומית, לאחר עונה אחת בלבד בליגה הארצית, לאחר שניצחה 0-5 את הפועל אום אל-פחם שנותרה בסוף המשחק עם 6 שחקנים, והמשחק הופסק בדקה ה-30.
בסוף עונת 2010/2011 עלתה הקבוצה חזרה לליגת העל מהמקום השני לאחר 8 עונות, עם ניצחון ביתי 1:2 על הפועל רמת השרון בתוספת איבוד נקודות של השנייה ערב המחזור, הפועל כפר סבא, אולם נשרה בחזרה לליגה הלאומית בתום עונה אחת בלבד מהמקום ה 15 מתוך 16.
בעונת 2012/2013 סיימה הקבוצה במקום השישי בליגה הלאומית. בתאריך 4.12.2012 זכתה הקבוצה לראשונה בתולדותיה בתואר – גביע הטוטו לליגת המשנה, לאחר ניצחון 4-5 בפנדלים על הפועל רעננה. באותה עונה הגיעה הקבוצה לחצי גמר גביע המדינה, לאחר שברבע הגמר הדיחה את מחזיקת הגביע הפועל תל אביב.
בסוף עונת 2013/2014 עזב ספיר את הקבוצה, אשר חזרה לבעלות העירייה. בתאריך 11.5.2015 רכש שחקן העבר אייל ברקוביץ' את הקבוצה מידי העירייה, תמורת תשלומים של 125,000 ש"ח כל שנה במשך 10 שנים. במהלך עונת 2018/2019 הכריז אייל ברקוביץ' על כוונתו לעזוב את המועדון והחל חיפוש אחר בעלים חדשים.